Sprachgeschichtlich ist der Name Merkersdorf als ein "Dorf eines Mer(i)ger" erklärbar und gehört zur großen Gruppe der genitivischen Ortsnamen. Die älteste überlieferte Form "Mergestorff" findet sich im Hardegger Kirchenregister von etwa 1290. Weitere Schreibweisen sind "Mergestorf" 1338, "Merigestorf" 1388, "Mergerstorff" 1590.
Ursprünglich gehörte das Dorf zur Herrschaft Kaja, die im Besitz der Babenberger war. Als landesfürstliche Lehensleute waren die Herren von Kaja, eine Nebenlinie der Kuenringer, bis 1360 im Besitz der Herrschaft. Niklas von Kaja verkaufte in jenem Jahr den Stammsitz an den Landesherrn, Herzog Rudolf IV. Vorübergehend gelangte die Herrschaft in den Pfandbesitz der Grafen von Maidburg-Hardegg. Aus dieser Zeit, 1388, stammt die Nachricht, dass der Burggraf auf dem "hinteren Haus" zu Hardegg, Berchtold von Neusoß, mit Zustimmung seines Herrn, Graf Johann des Jüngeren, dem Schlosskaplan auf dem "vorderen Haus zu Hardegg", Andre Grewl, Renten auf zwei Lehen zu "Mergestorf" verkaufte. Auf Grund ihrer Verschuldung mussten die Maidburger ihre österreichischen Besitzungen den Landesfürsten überschreiben. Dieser übertrug 1425 dem Ulrich von Eitzing wegen seiner Verdienste die Pflegschaft über die Feste Kaja. Später gelangten die Eitzinger auch in den Besitz der Herrschaft Kaja-Niederfladnitz. Im 16. Jahrhundert ist Merkersdorf in den Urbaren der Grafschaft Hardegg verzeichnet. 16 Ganzlehen, 14 Halblehen und 7 Hofstätten waren 1571 der Herrschaft zinspflichtig. Nach dem Pfarrverzeichnis aus dem Jahre 1665 bestand Merkersdorf aus 33 Häusern.
Seit der Neubestiftung der Hardegger Pfarre ist der Ort mit Hardegg enger verbunden. 1763 wurde die Dreifaltigkeitskapelle errichtet und von Hardegg aus betreut. Die Pfarre stellt 1793 einen Schulgehilfen für Merkersdorf an, der im Ort unterrichtete, da die Hardegger Schule überfüllt war. Erst 1866 erhielt die Gemeinde eine eigene Schule. Nach der Volkszählung des Jahres 1900 wohnten in 52 Häusern 246 Personen. 1950 zählte man im Ort 68 Häuser mit 198 Einwohnern. Seit 1972 gehört Merkersdorf der Stadtgemeinde Hardegg an.
Text von Prof. Dr. Konrad Jekl, aus dem Buch "Hardegg und seine Geschichte"
